引言

在我们使用GEO数据的时候, 经常要把探针名对应上Gene Symbol, 但使用提供的R包转换经常会出现GPL平台不支持的情况, 那有没有一种较为通用的转换方案呢.

过程

Gene类别介绍

GPL结构介绍

芯片数据 - Array

高通量数据 - Highthrou

注释文件类别介绍

Probe文件提取

结论

总而言之, 本文介绍了一种较为通用的GEO数据ID转换的方案, 为新手进行生物信息学分析提供了帮助.

引用

  1. R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析 - 简书