引言效果展示过程docker pull 配置代理[1]12sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.dsudo touch /etc/systemd/system/docker.service.d/proxy.conf 1234[Service]Environment="HTTP_PROXY=http://proxy.example.com:8080/"Environment="HTTPS_PROXY=http://proxy.example.com:8080/"Environment="NO_PROXY=localhost,127.0.0.1,.example.com" docker 重装ubuntu1234567891011121314docker stop $(docker ps -a -q)docker rm $(docker ps -a -q)sudo apt-get remove docker docker-engine docker.io docker- ...

引言R 版本更新过程12345sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常sudo rstudio-server start #启动RStudio-serversudo rstudio-server status #查看RStudio-serversudo rstudio-server stop #关闭RStudio-serversudo rstudio-server restart #重启RStudio-server 失败记录修改 rserver.conf123456sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf# rsession-which-r=/home/tenney/miniconda3/envs/R4.2/bin/Rsudo rstudio-server restartsudo rstudio-server status 修改123456vim rsession.conf# rsessio ...

引言在使用limma包进行差异分析的过程中，我们都知道至少需要表达矩阵和分组矩阵两个文件，而在一些例子当中，还出现了一种叫差异比较矩阵的东西，那为什么有些需要有些不需要呢？不需要的会不会得到完全相反的上调下调基因？ 其实差异比较矩阵的差距只在于一行代码，是 design <- model.matrix(~Group) 还是 design <- model.matrix(~ 0 + Group) ，那么这个0究竟代表什么含义呢？ 过程根据官方文档 9.2 , 这一段讨论了一个简单的单通道实验，比较了两组老鼠，一组是野生型（Wt），另一组是突变型（Mu）。该实验的目标是识别两组老鼠之间的差异表达基因。为此，提供了两种不同的设计矩阵构建方法。 首先是示例输入矩阵: FileName Target File1 WT File2 WT File3 Mu File4 Mu File5 Mu 可以用R语言进行创建: 123456789101112## 创建文件名和目标向量filename <- c("File1", "F ...

引言上一回说道，Markdown 可以使用一些高级用法进一步提升文档的质量和可读性，以完成高要求的复杂文本写作如论文等。 那么，为什么我们需要用 Markdown 来写论文呢？ 先总结一下毕业论文的特点： 文本量大，需要几十页甚至几百页 格式要求完全统一，每种段落都有自己的特有格式 图表均需要带有序号，并随章节次序动态调整 参考文献角标编号随顺序调整 … 那么，Word 可以为我们带来哪些呢？ 所见即所得 样式模板设置各级标题及正文 自动生成目录 结合文献管理器自动生成参考文献列表及角标 页面设置及输出 PDF … 看起来还不错，但是相应存在的问题是「易分心」和「易崩溃」。分段式的写作调整格式将会成为噩梦，一切超出输入时预想的格式修改，都将消耗掉成倍的时间与精力。一旦输入时没有规范好，写完之后掉过头来修改都会让难度指数式上升。而输入和排版同时进行加大了文件的复杂度，在保存耗时增加的同时使程序易于崩溃，而且在崩溃之后往往无法修复，版本控制也因此变得一团糟。 最令人烦躁的是，当你用 Word 和别人协作的时候，Word 本身就足以成为灾难。以参考文献引用为例，如果你不把 Mende ...

引言当需要写长文档或者学术论文时，很多人会选择使用 Microsoft Word 这类传统的文字处理软件，但是使用 Markdown 写作后再将其转换成 Word 格式也是一种很不错的选择。 Word 的优势在于表现形式丰富多样，也就是”富文本编辑”，但相对的带来了文档之间格式不统一，复制容易出错，字体、大小、颜色均容易出现各种各样的问题，当进行长文档写作就很容易出现写作十分钟，格式半小时的窘境。而 Markdown 恰恰相反，所有的格式将由内容和模板提供。作为内容和文本解离的成果，你可以尽情关注于写作本身。 需要提醒的是，Markdown 并不适合所有人，AllinOne 式的工具观是不必要的，合适的场合用合适的工具是最高效且实用的。对于团队协作和同步写作来讲，十几 K 的 md 文档自然比几 M 的 Word 好上几个等量级，对于办公室办公来讲，天然 A4 纸的 Word 自然就比 md 适合打印。工具本身没有高下，但使用的场景决定了工具的价值。 所以，十分钟就可以学会的 Markdown 教程，试一下？ 效果展示 正文1. Markdown 的优势和 Word 的不便Markdo ...

引言什么是 Xcode 命令行工具？如果你不是为苹果设备开发软件，你将不需要完整的 Xcode 应用程序（它需要超过 40GB 的磁盘空间！）。 相反，你将安装 Xcode 命令行工具。这是一个较小的软件包，为软件开发人员提供了在命令行（也就是在终端应用程序）上运行的工具。 自从计算机诞生以来，程序员就在 Unix 操作系统上使用这些工具，它们几乎是所有软件开发的基础。 幸运的是，Xcode 命令行工具包在你的磁盘上只需要 1.2GB 的空间。 你有三种选择在 Mac 上安装 Xcode 命令行工具： 安装完整的 Xcode 包 当被一个命令触发时安装 Xcode 命令行工具 安装 Xcode 命令行工具作为 Homebrew 安装的一部分 我不建议安装完整的 Xcode 包，除非你在为苹果设备开发软件。下载它的时间太长，而且会消耗不必要的磁盘空间。请尝试两种更快的方法之一。 效果展示12> xcode-select -p$ /Library/Developer/CommandLineTools 过程1/bin/bash -c "$(curl -fsSL http ...

相信大家都体验过以”小而美”著称的微信，这款神奇而伟大的软件无情的占据了每一个电脑的15g空间以上，而鄙人的电脑总空间…只有256… 于是，本人注定和微信有一场旷日持久的战斗。 微信与我而言最主要的问题有以下几点： 在微信中下载的文件如果在微信中直接打开会变成只读无法直接编辑 微信下载文件分散在各个文件夹内，甚至不同人发送的不同文件都会占用同一份内存 当同名文件发送，微信会默默的在文件名后面加上一个”(1)” 综上所述，写一个自动化脚本将各个文件夹内的接受文件转移到单独文件夹内是非常合理的。 代码如下 (macOS): 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647#!~/opt/anaconda3/bin/python# -\*- coding: utf-8 -\*-# Import the necessary modulesimport osimport shutil# Define the file path to the source directo ...

引言每一位初学者接触 R，想必都是从 RStudio 开始的，甚至将 RStudio 当作 R 本身的也不在少数。尽管 RStudio 是一个非常受欢迎的 R 编程环境，但它也有一些缺点。 单 session 布局固定 内存消耗大 首先， “得益于”单 session 操作，当 RStudio 的 Console 中运行了一个命令后，整个编辑器就会失去响应，而时不时的无响应对编程的打击是巨大的。 其次，RStudio 的界面不够灵活。相信不是只有我一个人觉得右下角的文件导航窗没用吧，RStudio 的默认布局可能不适合每个用户的需求，而且更改布局需要花费一定的时间和努力。相比之下，其他 IDE 通常允许用户自定义和调整布局，以适应个人喜好和工作流程。 此外，RStudio 的性能问题可能会影响大型数据分析项目。当处理大型数据集时，RStudio 可能会变得缓慢，特别是在使用 RMarkdown 等功能时。在这种情况下，使用其他工具和方法可能更加有效和高效。 最后，RStudio 的可扩展性不如其他 IDE。虽然 RStudio 支持许多有用的插件和扩展，但它的扩展生态系统相对较小， ...