服务器通用软件配置
lintr/home/tenney/.lintr
1linters: with_defaults(line_length_linter = NULL, seq_linter = NULL)
R12345678910options(repos = "https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN", BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if (interactive() && Sys.getenv("TERM_PROGRAM") == "vscode") { if ("httpgd" %in% .packages(all.available = TRUE)) { options(vsc.plot = FALSE) options(device = function(...) { ...
bam 转 wig 并批量处理的方法
引言本文将介绍一种 bam 转 wig 并批量处理的方法。需要用到的软件是来自 Augustus 的 bam2wig.
过程软件安装Augustus 官方 github 地址：
GitHub - Gaius-Augustus/Augustus: Genome annotation with AUGUSTUS
对于 linux 客户端，官方提供了 apt/Docker/Singularity/Building AUGUSTUS from source 四种安装方式，由于权限及软件问题，建议编译安装，非常不推荐 docker 安装。
首先需要安装依赖 (samtools 可使用 conda 版本)：
sudo apt-get install samtools libhts-dev
123git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.gitcd Augustusmake augustus
如果只需要使用 bam2wig, 可以：
1234git clone https://github.co ...
无法使用 git 的解决方法
引言效果展示过程全局设置用户名两种效果一样，命令比较简单。
命令12git config user.name "your-username"git config user.email "your-email-address"
文件~/.gitconfig
123[user] name = your-username email = your-email-address
could not read Username for ‘https://github.com‘fatal: could not read Username for 'https://github.com': No such device or address
结论引用
git - GitHub - fatal: could not read Username for ‘https://github.com': No such file or directory - Stack Overflow
git config 的全局和本地配置 - 知乎
github_repo
中国科研常用LaTeX模板集GitHub - huangwb8/ChineseResearchLaTeX: 中国科研常用LaTeX模板集
hexo 增加 google AdSense 广告
引言本着蚊子再小也是肉原则，也有看一下真实访问量的想法，加一个广告试试。
效果展示
(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
过程注册谷歌广告https://www.google.com/adsense/
添加 ads.txt光说验证的话其实添加 ads.txt 比较简单，请务必确定是 ads.txt 而不是 Ads.txt, 因为在不区分大小写的系统里面如果第一次上传了 Ads.txt 之后是不会被覆盖掉的，会导致验证失败。
新建一个 ads.txt 文件，内容示例如下：
1google.com, pub-**68719829292929, DIRECT, f08c47fec0942fa0
然后上传到博客的 source 文件夹下。
修改主题配置文件使用的是 Hexo 的谷歌广告插件[2]，用途说明：
支持使用 Hexo 自定义标签将谷歌广告代码动态插入到指定的文章的特定位置中，广告类型一般是谷歌的文章内嵌广告，但也支持谷歌其他类型的广告。
使用步骤
安装插件：npm install hexo-goo ...
服务器使用 Time Machine 备份简易方案
引言想使用 Time Machine 进行备份要么需要外接硬盘，要么需要专用的设备，但是如果要求不是很高的话也可以使用随便一个可以连接到的网络空间。
效果展示
过程大概需要三步：
创造空白镜像
连接网络上的空间
在已连接的空间打开新建镜像
创建空白镜像重点是：
Select the “New Image” option to create you new disk image and save it to your Desktop. 左上角创建空白镜像。
Start at the bottom with changing the Image Format to “sparse bundle disk image”. 格式是稀疏捆绑磁盘镜像。
Change “Partitions” selection to “No partition map.” 没有分区映射。
“Volume Format” to “Mac OS Extended (Case-sensitive, Journaled)”.
Change “Volume Size” to “Custom” and enter a ...
利用 ssh 的端口转发
引言效果展示过程-L本地主机 A 指定端口 X 的访问请求转发给主机 B，交由主机 B 对另一指定主机 C 的指定端口 Z 发起访问。命令如下：
1ssh -L 主机A端口X:主机C:主机C端口Z username@hostname
12ssh tenney@10.9.65.32 -p 22 -L 0.0.0.0:58096:10.9.65.32:58096 -Nssh tenney@10.9.65.32 -p 22 -L 0.0.0.0:10080:10.9.65.32:10080 -N
ssh tenney@10.9.65.32 -p 22 -N -D 57890
结论引用
彻底搞懂 SSH 端口转发命令 - 知乎
红包封面小礼物和 2023 年年终总结
引言2023 一如既往的过去，2024 毫无二致的过来。但对我来说，2023 是一个非常重要的节点，因为：我，鄙人，区区在下，结婚了。另外就是，建立了公众号，发了篇论文，升级了学业。可喜可贺，可喜可贺。
新年了，给大家送点小礼物，红包封面 600 份，谢谢大家的陪伴。
想要红包封面的到这里就可以结束了，下面是本人的一些心里话，有兴趣的可以听我絮叨絮叨。
杂谈 - 公众号起源和现状这个公众号的建立初衷很简单，那就是把我可能说好几次的内容说成一次。教程，体验，杂谈，分享，等等，只要我觉得”有意思”的东西，都可能出现在这个小小的公众号中。在此由衷感谢我的一位 l 姓师兄和一位 c 姓同门，没有他们的提点我愚笨如我都想不起这个想法。
我一向很崇尚信息的共享，信息可以说是成本最低的人类升级素材了，堪称是一本万利。只需要书写一次便能共享无数次。而且，只要我写的东西帮过了一个人，那从第二个开始是白赚。
人类最伟大的发明就是文字，文字带给了人类文明传承下去的可能。我爱文字，正如我爱我的母亲。因此，我也喜欢书写文字，更期待着我的文字能给他人带来的微小的改变。文字承载着我的思考，我的思想，我的理想。
不知 ...
easyconnet 的 docker 使用
easyconnet 的 docker 使用cli（amd64 架构）1docker run --rm --device /dev/net/tun --cap-add NET_ADMIN -ti -p 127.0.0.1:1080:1080 -p 127.0.0.1:8888:8888 -e EC_VER=7.6.3 -e CLI_OPTS="-d vpnaddress -u username -p password" hagb/docker-easyconnect:cli
基于 selenium 的动态网页爬虫服务器版
引言虽然尝试了，但是最后大概还是 X11 的问题，只能在有图形化的界面运行，无图形化的命令行连无头浏览器都无法运行。所以我寻思着，要么就用 X11 转发，要么远程操控 (虽然有点奇怪但是这就算简单的).
过程安装依赖123456789101112131415161718192021# Prerequisitessudo apt install -y unzip xvfb libxi6 libgconf-2-4sudo apt install default-jdk# Install Google Chrome## export https_proxy=http://10.9.65.31:7890 http_proxy=http://10.9.65.31:7890 all_proxy=http://10.9.65.31:7890sudo curl -sS -o - https://dl-ssl.google.com/linux/linux_signing_key.pub | apt-key add## sudo curl -sS -o - https://dl-ssl.google.co ...