引言

首先，这个我怀疑不是 log 数据，而是 tpm, tpm 加一起是 1 百万，所以单个一般就是几，十几
二，ComBat 的输入要求是经过归一化操作的表达量数据，归一化的方法可以是 array 等包处理的，也可以用 ComBat-Seq 处理 raw count
三，在 sva 包的 sva for sequencing (svaseq) 一节中，作者说In our original work we used the identify function for data measured on an approximately symmetric and continuous scale. For sequencing data, which are often represented as counts, a more suitable model may involve the use of a moderated log function(在我们最初的工作中，我们对在近似对称和连续尺度上测量的数据使用了识别函数。对于通常表示为计数的测序数据，更合适的模型可能涉及使用调节的对数函数),这表示可能确实存在使用 log2 的用法。

效果展示

过程

结论

引用

  1. Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods | Biostatistics | Oxford Academic
  2. R 语言-sva 包处理批次效应 | KeepNotes blog
  3. sva