R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装

引言

有些时候会存在需要安装特定版本 R 软件的需求，比如为了满足特定软件包的安装使用要求或减少不同平台迁移成本。但是，不同于 Windows 平台拥有便捷的 R 版本切换功能，MacOS 和 Linux 平台都存在着不同程度的安装和切换困难。因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。

过程

Linux

Ubuntu

官网提供的安装方法实际只能安装最新版，无法指定安装版本[1]。而官方提供的旧版本安装方法[2]直接旧到 3.4 和 3.6 去了…

因此，使用 Posit 提供的 deb 安装方法[5,6]。

Posit

# Install required dependencies
sudo apt-get update
sudo apt-get install gdebi-core

# Specify R version, download and install R
export R_VERSION=4.2.3
curl -O https://cdn.rstudio.com/r/ubuntu-2004/pkgs/r-${R_VERSION}_1_amd64.deb
sudo gdebi r-${R_VERSION}_1_amd64.deb
/opt/R/${R_VERSION}/bin/R --version

# Create a symlink to R
sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /usr/local/bin/R
sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript

# config rstudio-server
vim /etc/rstudio/rserver.conf
# rsession-which-r=/usr/local/bin/R
sudo rstudio-server restart

值得注意的是，很多教程没有分清rserver.conf和rsession.conf的区别，如果写入了错误的配置文件会导致 rstudio-server 无法启动。事实上 rserver.conf 配置文件控制 Workbench 的 rserver 进程的行为，用来调整身份认证、HTTP 和授权选项等设置[8]。而 rsession.conf 配置文件被用来调整各种 RStudio Pro Session 参数[9]，简单的说，高级版才有用。

手动编译

也可以使用手动编译的方法安装[7]。

sudo sed -i.bak "/^#.*deb-src.*universe$/s/^# //g" /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt build-dep r-base

export R_VERSION=4.2.3
curl -O https://cran.rstudio.com/src/base/R-4/R-${R_VERSION}.tar.gz
tar -xzvf R-${R_VERSION}.tar.gz
cd R-${R_VERSION}

./configure \
    --prefix=/opt/R/${R_VERSION} \
    --enable-R-shlib \
    --enable-memory-profiling \
    --with-blas \
    --with-lapack
make
sudo make install

conda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-$(uname -s)-$(uname -m).sh
## exemple: wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash ./Miniconda3-latest-$(uname -s)-$(uname -m).sh
## exemple: bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

## Conda-forge
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

## run
conda create -n R4.2
conda env list
conda activate R4.2
conda install r-base=4.2.3
conda install r-languageserver radian

## R
which R
# /root/miniconda3/envs/R4.2/bin/R
ll /root/miniconda3/envs/R4.2/bin/R
# 注意, 在任何情况下都不应该由用户手动写入`/usr/lib`文件夹
# ln -s /root/miniconda3/envs/R4.2/lib/R/bin/R /usr/lib/R
# rm -rf /usr/lib/R

注意，在任何情况下都不应该由用户手动写入/usr/lib文件夹，因此千万不要用创建软连接的形式进行软件的使用。如果已经创建了并引起了 dpkg 和 apt 的报错，就删除创建的软连接。

题外

官方最新版安装

# update indices
sudo apt update -qq
# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

sudo apt install --no-install-recommends r-base

Win

各种版本的 R 都可以直接下载。

Previous releases of R for Windows

MacOS

可以使用 RSwitch 等软件进行设置。