bd 平台单细胞数据定量流程

引言

效果展示

过程

环境配置

## conda env create
mamba create -n scbd python=3.11.3
conda activate scbd

## 安装 CWL-runner
pip install cwlref-runner
### 如果pip安装失败，可以选择国内镜像安装
pip install cwlref-runner -i https://pypi.douban.com/simple/

## 拉取 Docker 镜像
docker pull bdgenomics/rhapsody

## 确认镜像存在
docker images | grep bdgenomics/rhapsody

流程下载

地址在:

https://bitbucket.org/CRSwDev/cwl/src/master/v2.0/

ref下载

http://bd-rhapsody-public.s3-website-us-east-1.amazonaws.com/Rhapsody-WTA/Pipeline-version2.x_WTA_references/

结论

引用

1. BD Rhapsody上游定量流程-腾讯云开发者社区-腾讯云